公路局鑒於公路行政應一元化，以推行中央法令，經呈前行政長官公署核准於同年十月一日在公路局本部設立監理處，並分設三個監理辦公監理辦公處，以及台南等十個監理站，而台南站隸屬駐高雄段監理辦公處，為本站設站伊始。
由於政府財政困難，公路局為使各單位人員靈活運用，經報奉台灣省政府核准自同年11月1日起，將原設三個段監理辦公處，以及台南等十個監理站撤銷，業務及人員併入運輸單位（以前之台灣汽車客運股份有限公司）之各業務段辦理，並於台南業務（運輸）站增設副站長一人，協助站長辦理監理工作。嗣後監理執行工作逐年成長，各方均有監理機關應獨立設置之議。
報奉台灣省政府核准設置台北等五個監理所， 及台南等九個監理站，於焉台南站正式脫離運輸處，成為獨立單位，而隸屬台灣省政府交通處公路局嘉義區監理所。
本站成立之初設於台南市運河路，後遷於台南市博愛路（今之北門路），為應業務需要，遷至台南市勝利路（今之成大醫院對面），增建汽車檢驗場及小型車路考場。
惟因經濟繁榮、國民所得大幅提高，汽、 機車及考照人數急遽增加，原有場地設備已不敷使用，遷至現址，佔地45000平方公尺，增設大客、貨車及聯結車考驗場， 並全面實施電腦化作業，成為南部地區最具規模之監理單位。
公路局改制公路總局 ，始為今之交通部公路總局嘉義區監理所臺南監理站。
因成立初期，尚屬農業社會型態，車輛及員工人數甚少，惟自工商進步、社會結構轉型後，人民生活水準日益提高 ，車輛及駕駛人呈高度成長，尤其民國60年以後，每五年約增加一倍，民國80年以後雖略趨緩和，惟人員仍未能依比例增加，本站為克服員工不足之困境，以滿足民眾之所需，乃致力於各項作業流程簡化，如免填書表、全國電腦連線作業到單一窗口；從人工驗車到電腦儀器驗車，從人工閱卷、考照至電動化考照及電腦閱卷，以及隨到隨考隨發照；更推行委託民間代檢，實施派督考作業以及簡化各項汔車運輸業申請案件之流程；實施違規郵繳即時銷號 ，電話語音、超商繳納汽車燃料使用費及違規罰款，以期達到簡政便民之目的。本站於民國87年5月19日舉辦全國監理業務觀摩會，各項便民服務措施深受各界好評。
核心價值
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核心價值
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意涵
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| 親切 |
以謙虛的態度，親切微笑的服務，發自內心的熱忱，針對民眾需求，以同理心著想，展現如家人般的親切。
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| 效能 |
運用有效方法及工具，簡化行政流程，縮短申辦時間，提高行政效率與績效，建立以顧客為導向需求之效能服務。 |
| 服務 |
推動整合式服務，服務項目改造，異業策略聯盟，並時時以民眾福祉為念，關懷弱勢族群，提供無障礙服務。 |
| 科技 |
推動電子化政府，運用資訊科技，推動線上申辦，以網路取代馬路，整合e化系統，達到機關資源共享。 |
願景
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持續推動各項簡政便民措施。
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加強員工在職及服務禮貌，提升服務品質。
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積極推展各項業務e 化網路線上服務，以達無窗口作業。
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持續跨機關合作，延伸服務據點。
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利用各項集會，加強宣導公務員廉政倫理規範。
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持續推動e 化研發與創新工作。
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檔案e 化創新及應用加值服務。
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提供民眾陳情反應管道，以解決民眾之需求。
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建置國道及一般公路客運資訊系統，以提供民眾查詢功能。
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加強各立體、平面媒體對公路監理業務簡政便民及交通安全宣導。
工作目標
公路監理業務 與民眾日常生活息息相關，本站秉承「以客為尊、服務優先」的理念並落實各項簡政便民措施，以達成「親民、便民、簡政、安全、防弊」等5大工作目標。
由於整個大環境的改變，民眾的需求也趨於多元化，監理人員提升服務品質及促進行車安全已刻不容緩，本站時時鼓勵同仁對公路監理業務需「充實自我、求新求變、積極參與」，以滿足民眾的期望，期能達到e化時代凡事講求效率原則，以更優質之服務內容，達成本站之核心價值__親切(Benign)、效能(Efficient)、 服務(Service)、科技(Technology)，使臺南監理站成為全國BEST的監理站。