由前臺灣行政長官公署交通處鐵路管理委員會汽車處改組成立公路局，同年十月在該局設置監理處，並於臺北、臺中、高雄設3個監理段10個監理站，高雄監理段轄下設嘉義、臺南監理站。
撤銷3個監理段10個監理站，將嘉義、臺南監理站監理業務併入公路局各運輸單位，於臺北、臺中、高雄、枋寮及蘇澳設5個運務段（後改為運輸處），各段內增設監理課，並於各運務站（原設嘉義、臺南監理站地區）增設副站長及人員處理監理業務。
將各區運輸處之監理課及各運務站副站長均予撤銷，並同時成立公路局嘉義區監理所，並設臺南監理站；嗣後為因應業務需要。
本所又因原場所狹窄，業務量不斷擴增，不符為民服務之需求，遂於民國93年10月1日，遷移至嘉義縣朴子市朴子七路29號新址辦公，原址同年月日成立嘉義市監理站。
因應交通部公路局組織法立法公布，交通部公路總局機關名稱由「交通部公路總局」變更為「交通部公路局」，爰所屬機關之名稱亦有變動，本所由「交通部公路總局嘉義區監理所」變更為「交通部公路局嘉義區監理所」。
本所及各轄站歷年變遷沿革，均係以親民、便民、簡政、防弊、安全等施政目標為主，並以e化創新、知識管理、組織學習、跨機關合作、紓解員工壓力、提升內外部顧客滿意度為輔，不斷提升顧客優質而又溫馨、滿意的服務，並追求行政效能「有效率」、「有活力」、「有動力」的指標，而達到永續經營與發展為最高目的。